Salzlacken findet man im europäischen Binnenland nur mehr im Seewinkel und in Zentralungarn. Auf anderen Kontinenten gibt es zum Teil noch sehr große derartige Gewässer – etwa in Asien in Kasachstan und der Mongolei, in Afrika in der Etoscha-Pfanne oder in Australien. Weltweit ist die Anzahl solcher Gebiete allerdings sehr gering, was die Erhaltung solch einzigartiger Lebensräume besonders wichtig macht.

Für die das Ostufer des Sees begleitenden Lacken nimmt man an, dass ihre Entstehung mit dem Seedamm zusammenhängt. Sedimente aus dem Seeboden wurden hier durch Strömung und Eisstoß abgelagert. Eine Lücke im Seedamm führte schließlich zur Auswaschung einer landseitig gelegenen Senke – die Grundlage für eine Lackenmulde.

Die Lacken des zentralen Seewinkels sind wesentlich älter als der See selbst. Nach der heute anerkannten Theorie des Salzburger Geographen Helmut Riedl bildeten sich während der Würm-Eiszeit vor rund 115000 bis 10000 Jahren im Seewinkel große Eislinsen, sogenannte Pingos, die eine Schotterablagerung durch die Donau verhinderten. Nach dem Abschmelzen dieser Eislinsen blieben so seichte Mulden, die sich mit Wasser füllten.

Um die Entstehung der Salzlacken zu erklären, muss man rund 13 Millionen Jahre zurückgehen, als das ganze Gebiet noch vom Meer bedeckt war. Erst durch die Ablagerung gewaltiger Sedimentmassen erfolgte der Rückzug des Meeres nach Osten. Danach konnte sich während der letzten Zwischeneiszeit bei wüstenhaftem Klima ein salzführender Bodenhorizont bilden. Von diesem gelangte mit dem aufsteigenden Grundwasser durch die Kapillarwirkung Salz an die Oberfläche.

Zur Erhaltung der Seewinkel-Lacken trägt deren periodisches Austrocknen bei. Nach unten hin ist der Lackenboden dicht. Steht dort das Grundwasser von unten an, wird durch die Kapillarwirkung Salz in das Salzlacken-System nachgeliefert. Reißt durch Absenkung des Grundwasserspiegels diese Verbindung ab, süßt die Lacke aus und droht zu verschwinden. Da sich die Lacken in chemischer Hinsicht und durch ihr unterschiedliches Bodensubstrat unterscheiden, ist die Erhaltung jeder einzelnen Lacke ein wichtiges Naturschutzziel.

Im Wechsel der Jahreszeiten schwanken diese salzhaltigen Gewässer zwischen 70 cm Tiefe und völliger Austrocknung. Vor allem die Niederschläge im Herbst und Winter gleichen die starke Verdunstung durch Wind und Sonne aus. Die meisten der ursprünglich mehr als 100 Lacken gingen durch menschliche Eingriffe verloren, einige sind verlandet.

Bei sinkendem Wasserspiegel steigt die Salzkonzentration im Lackenwasser. Der sogenannte «Sodaschnee» am trockenen Lackenboden besteht hauptsächlich aus Natriumkarbonat (Na₂CO₃), es kommen aber auch Glaubersalz (Na₂SO₄), Bittersalz (MgSO4) und Kochsalz (NaCl) vor.

Nicht nur der Wechsel von Wasserstand und Salzgehalt, auch das Temperaturgefälle zwischen Tag und Nacht machen Lacken kurz vor dem Austrocknen zu extremen Lebensräumen: Schwankungen von bis zu 20°C sind dann die Regel.